Bt-Baumwolle ist eine genetisch modifizierte Version der Pflanze, die Gene für ein Insektizid enthält. Zu den Baumwollpflanzen gehört Bacillus thuringiensis (Bt), ein sporenbildendes Bakterium, das Kryproteine produziert. Wenn Insekten diese Baumwollpflanzen fressen, binden sich die Schreiproteine an Zellen im Inneren des Insekts, stören den Kaliumfluss durch das Insekt und töten es schließlich. Bt-Baumwolle wird von Monsanto produziert und in Indien angebaut.
Die Familie der Bt-Bakterien enthält 200 Proteine, die für viele Insekten schädlich sind, insbesondere für Käfer, Schmetterlingslarven, Baumwollkapselwürmer, Fliegen und Mottenlarven. In Gebieten, in denen diese Schädlinge die Hauptbedrohung für Baumwolle darstellen, verringert der Einsatz von Bt-Baumwolle den Einsatz von Breitbandinsektiziden bei den Pflanzen. Gegen andere Schädlinge, einschließlich Blattläuse und Stinkwanzen, ist Bt jedoch unwirksam. In einigen Gebieten Chinas wurde der Einsatz von Insektiziden in Baumwollfeldern auf ein Niveau vor Bt erhöht, um diese Bt-resistenten Schädlinge zu bekämpfen.
In den Vereinigten Staaten wurde zwischen 1996 und 1998 durch die Verwendung von Bt-Baumwolle etwa 5 % mehr pro Hektar gewonnen als mit Standardbaumwolle.
Bt-Baumwolle ist in Indien, dem zweitgrößten Erzeugerland der Welt, weit verbreitet. Da die Bt-Baumwollsamen von Monsanto jedoch teuer sind und nicht länger als eine Generation halten, haben indische Landwirte ihre eigene Sorte mit wiederverwendbarem Saatgut entwickelt. Obwohl die Verwendung von Bt-Baumwolle in Indien umstritten ist, stammen seit 2012 83 Prozent der Baumwolle des Landes daraus.