Die häufigste Ursache für braunes Brunnenwasser ist Eisenverunreinigung. Eine plötzliche Änderung der Wasserfarbe bedeutet, dass die Verunreinigung neu in den Brunnen gelangt. Dies kann durch industrielle Verunreinigung oder rostige Rohrleitungen verursacht werden. Armaturen oder natürliches Eisenauswaschen aus dem Boden.
Chemische Behandlung und Sedimentfiltration werden verwendet, um Eisen aus Brunnenwasser zu entfernen. Nachdem das Eisen entfernt wurde, bedarf das Wasser einer weiteren chemischen Behandlung, um alle eisenverzehrenden Bakterien abzutöten, die möglicherweise einen Biofilm im Brunnenwasser gebildet haben. Bleibt Eisen im Brunnenwasser, können die Bakterien zurückkehren und erneut Probleme verursachen.