Anton van Leeuwenhoek entdeckte 1676 Flimmerhärchen und Geißeln. Die Entdeckung wurde in einem Brief an die Royal Society of London geschickt, in dem seine Funde als zweite Art von Tierchen beschrieben wurden, deren Figuren oval mit winzigen Beinen.
Zu dieser Zeit wurden Zilien und Geißeln als oval beschrieben und mit winzigen Beinen, die sich sehr flink bewegten. Zilien und Geißeln sind laut NCBI eigentlich gleich, aber sie erhielten unterschiedliche Namen, lange bevor ihre individuellen Strukturen bestimmt und überprüft wurden.
Normalerweise haben Zellen eine von zwei Flagellen, aber Flimmerzellen werden als viele kleine Flimmerhärchen beschrieben. Eine Zelle kann beispielsweise eine Geißel, zwei Geißeln oder Tausende von Zilien aufweisen.
Sowohl Zilien als auch Geißeln werden zum Reisen und zum Einbringen von Nahrungspartikeln verwendet. Sie bewegen auch Materialien über die Oberfläche von Geweben. Zum Beispiel haben Menschen Flimmerhärchen in der Nase; Diese Flimmerhärchen bedecken die Atemwege und helfen dabei, Partikel, die sich in den Schleimsekreten in diesen Atemwegen ansammeln, auszustoßen und zu entfernen.
Zilien und Geißeln bewegen Zellen durch Schlagen, was Zellen mit einer Geschwindigkeit von 1 mm/s bewegen kann. Einige Flimmerhärchen und Geißeln sind bei einigen Arten von Insektensperma bis zu 2 mm groß.