Kostenlose Apps aus dem Amazon Appstore können sicher heruntergeladen werden, solange sie direkt aus dem Store selbst heruntergeladen werden. Diese Apps durchlaufen einen ähnlichen Überprüfungsprozess wie die von Google Play.
Obwohl Apps aus dem Amazon Appstore sicher sind, führt der Installationsprozess zu Sicherheitslücken für Android-Benutzer. Um Apps zu installieren, müssen Benutzer die Sicherheitseinstellungen des Android-Geräts ändern, um Apps aus unbekannten Quellen zu installieren, ein Vorgang, der als Side-Loading bezeichnet wird. Einmal eingerichtet, ermöglicht das Android-Gerät einem Benutzer, eine App unabhängig von ihrer Quelle zu installieren, nicht nur aus dem Amazon Appstore. Es gibt derzeit keine Android-Funktion, um nur Apps von einem bestimmten Marktplatz zuzulassen.
Der Großteil der Malware stammt von Websites von Drittanbietern, kann aber auch als Anhänge in E-Mails gesendet werden. Normalerweise verteidigt ein Android-Gerät den Benutzer, indem es sich weigert, Anwendungen zu installieren, die nicht von Google Play stammen. Diese Funktion wird jedoch bei der Installation von Apps aus dem Amazon Appstore deaktiviert, wodurch eine Sicherheitslücke entsteht. Derzeit sind Tausende von bösartigen Android-Anwendungen im Umlauf, und die meisten stammen von Websites von Drittanbietern.
Um dieses Problem zu vermeiden, sollten Benutzer die Sicherheitsfunktion erneut aktivieren und Installationen aus unbekannten Quellen verbieten, sobald die Anwendung aus dem Amazon Appstore installiert ist. Dies schützt das Gerät, wenn die vorgesehenen Anwendungen nicht geladen werden.