Der schwedische Programmierer Markus Persson hat "Minecraft" ursprünglich als Wochenendprojekt im Mai 2009 mit einfachen Programmierwerkzeugen entwickelt. Auf dieser Grundlage baute er in einem 30-monatigen Entwicklungszyklus auf. Persson stellte andere Programmierer ein und gründete das Spielestudio Mojang, um den Erstellungsprozess zu unterstützen, nachdem überwältigend positive Mundpropaganda die Entwicklungsversionen des Spiels zu einem Rennerfolg gemacht hatte.
Persson, der auch unter seinem Internet-Namen Notch bekannt ist, wurde inspiriert, "Minecraft" zu entwickeln, nachdem er das aufstrebende und tiefgreifende Gameplay eines Programms namens "Dwarf Fortress" erlebt hatte. Als Persson erkannte, dass "Dwarf Fortress" primitive ASCII-Charaktergrafiken enthielt, beschloss er, ein ähnliches, visuell interessanteres Open-World-Spiel zu entwickeln, das sich um eine scheinbar unbegrenzte Auswahl der Spieler dreht. Dieses Spielgenre ist seitdem als Sandbox-Spiel bekannt, da die Spieler virtuell in eine kleine Welt versetzt werden, um alles zu bauen, was sie sich vorstellen können.
Persson hat frühe Versionen von "Minecraft" in kostenlose Spieldesign-Foren hochgeladen. Im Laufe einiger Monate fügte er dem Programm weitere Funktionen hinzu und begann, eine Schutzgebühr für den Download einer so genannten Alpha-Version des Titels zu erheben. Als es immer beliebter wurde, stellte Persson Programmierer und Mitarbeiter ein, um die Entwicklung von "Minecraft" fortzusetzen.
Persson und Mojang setzten die Entwicklung von "Minecraft" in den nächsten zwei Jahren in einer erweiterten kostenpflichtigen Betaphase fort, in der der Titel 4 Millionen Mal verkauft wurde. Im Winter 2011 gab Mojang bekannt, dass "Minecraft" vollständig und aus der Beta-Phase ist, aber das Studio hat auch nach der Veröffentlichung einer endgültigen Version weiterhin Funktionen und Iterationen bestehender Spielmodi hinzugefügt. Versionen von "Minecraft" wurden auch auf Konsolen, Tablets und Smartphones portiert, was die Spielerbasis des Spiels erweitert.