Die Auswirkungen von saurem Regen auf das Pflanzenwachstum variieren je nach lokalem Boden und anderen Faktoren, sind jedoch im Allgemeinen negativ, hemmen das Pflanzenwachstum oder töten sogar bestehende Pflanzen. Das Ausmaß der Wirkung von Säure Regen hängt sowohl von seiner Menge als auch vom Vorhandensein puffernder Bodenbestandteile ab.
Sauerer Regen tötet Pflanzen normalerweise nicht direkt, obwohl er die Blätter vieler Pflanzen schwächt. Stattdessen neigt es dazu, Pflanzen zu beeinflussen, indem es die Nährstoffe, die sie erhalten, einschränkt oder Giftstoffe aus dem Boden freisetzt. Diese allein bewirken, dass eine Pflanze langsamer wächst, aber wenn sie mit anderen Umweltbelastungen kombiniert wird, kann dies zum Tod führen. Wälder, die saurem Regen ausgesetzt waren, wurden mit Bräunung und vorzeitigem Blattverlust beobachtet. Durch sauren Regen gehen ganze Waldstücke verloren.
Saurer Regen kann einige Bodennährstoffe besser auflösen als normaler Regen, sodass diese Nährstoffe leicht aus dem Boden ausgewaschen werden können. Gleichzeitig können sie auch giftige Stoffe wie Aluminium lösen und Pflanzenwurzeln aussetzen. Einige Böden enthalten Kalksteinpartikel oder andere Substanzen, die den Säuregehalt des Regens neutralisieren. Selbst in einigen dieser Fälle können große Mengen an saurem Regen oder saurem Nebel den Schutz überwinden.