"IGI-2: Covert Strike" enthält 19 Einzelspieler-Missionen, die von verdeckter Überwachung und Flucht bis hin zu Raubüberfällen und groß angelegten Angriffen reichen. Die Missionen finden in einer Vielzahl von Innen- und Außeneinsätzen statt Standorte. Der Spieler kann wählen, wie er jede Mission angeht und abschließt.
Jede Mission hat ein Ziel und es stehen mehrere Wege zur Verfügung, um jedes dieser Ziele zu erreichen. Da der Spieler in allen Missionen in der Unterzahl ist, sind heimliche Ansätze normalerweise am effektivsten, aber jeder Spieler kann Mission für Mission wählen, wie er spielen möchte. Die Schwierigkeitsgrade werden zu Beginn jedes Spiels festgelegt und Zwischensequenzen gehen vor und nach jeder Mission, um die Geschichte des Spiels zu erzählen.
