Kirschbäume haben ein sehr flaches Wurzelsystem. Während einige Bäume sehr tiefe Wurzelsysteme entwickeln, haben die meisten Wurzeln, die nur 12 bis 16 Zoll tief werden – und Kirschbaumwurzeln wachsen normalerweise nicht so tief.
Die Wurzeln eines Kirschbaums haben zwei Hauptfunktionen. Größere Wurzeln verankern den Baum im Boden und transportieren Nährstoffe und Wasser zum Rest des Baumes. Kleinere Feederwurzeln ziehen Nährstoffe und Wasser aus dem Boden und senden es dann an die größeren Wurzeln. Da diese größeren Wurzeln flacher und vertikaler sind als viele andere Bäume, können sie Beton und Landschaftsbau beschädigen. Kirschbäume pflanzt man am besten dort, wo es wegen der flachen Wurzeln viel Platz gibt.