Der beste Weg, die Sirupleitungen eines Sodabrunnens zu reinigen, besteht darin, das Rohrsystem mit einer frei verkäuflichen Reinigungslösung ohne Bleichmittel zu spülen. Bleichmittel korrodiert den Kunststoff in den Rohren und kann gesundheitliche Probleme verursachen. Diese Reinigungslösungen sind als Bag-in-a-Box konzipiert, ähnlich den Sirup-Versorgungsboxen, die in Sprudelbrunnen verwendet werden.
Sirup-Versorgungsbeutel werden mit einem BIB-Adapter an die Ausgaberöhrchen angeschlossen. Derselbe Adapter wird verwendet, um verpackte Reinigungslösungen an das Sodabrunnen-Rohrsystem anzuschließen. Dieser Reinigungsprozess funktioniert genauso, wie wenn die Sodamaschine Sirup ausgibt. Die Reinigungslösung wird an den Sodabrunnen angeschlossen, in dem normalerweise die Sirupbeutel aufbewahrt werden. Dann sollte der Hebel an der Vorderseite des Sodaspenders gedrückt werden, damit die Reinigungslösung das System durchspülen kann. Die Reinigungslösung sollte 15 bis 20 Minuten durch das Schlauchsystem laufen.
Das Time Magazine brachte einen Artikel, in dem die Notwendigkeit hervorgehoben wurde, Sirup-Rohrsysteme für Sodabrunnen regelmäßig zu reinigen und zu spülen. In dem Artikel heißt es, dass nach der Durchführung einer Studie mit 30 verschiedenen Sodabrunnensystemen in Virginia festgestellt wurde, dass 48 Prozent coliforme Bakterien enthielten, die normalerweise mit menschlichem und tierischem Kot in Verbindung gebracht werden.
