Von 1950 bis 1976 reichten die Seriennummern von Fender-Gitarren bis in die 700.000er-Jahre, mit einigen Überschneidungen zwischen den Jahren. Von 1976 bis 2009 begannen die Seriennummern je nach Produktionsjahrzehnt mit S, E, N oder Z. Ab 2010 beginnen Seriennummern mit US und den letzten beiden Ziffern des Produktionsjahres.
Von 1950 bis 1956 stempelte Fender Seriennummern bis zu 10.000 auf das hintere Ende des Nackenabsatzes. Dieses Nummerierungssystem wurde bis 1963 fortgesetzt, als Fender den Buchstaben L am Anfang der Seriennummer einsetzte.
Im Jahr 1965 wurde Fender an CBS verkauft und das Nummerierungssystem blieb konsistent, da das Unternehmen dieselben Werkzeuge und Teile verwendete. 1976 wurde ein Buchstabenpräfix hinzugefügt, um anzugeben, in welchem Jahrzehnt die Gitarren hergestellt wurden. Wenn eine Gitarre 1976 gebaut wurde, würde die Seriennummer mit S6 beginnen, gefolgt von fünf Ziffern. 1980 war das Buchstabenpräfix ein E, also lautete die Seriennummer E0, gefolgt von fünf Ziffern. Die 1990er Jahre begannen mit einem N und die 2000er Jahre begannen mit einem Z.
Gitarren der Vintage-Serie haben das Präfix V. Vintage-Gitarren, die von 1982 bis 1988 gebaut wurden, beginnen mit V4, gefolgt von fünf oder sechs Ziffern. Vintage-Gitarren, die nach gebaut wurden, beginnen mit V und haben danach fünf oder sechs Ziffern. American Deluxe-Serien beginnen mit einem D vor dem Z in der Seriennummer.
Ab 2010 beginnen die Seriennummern von Fender-Gitarren mit einer Identifizierung des Ursprungslandes und des Herstellungsjahres. Wenn die Seriennummer beispielsweise mit US10 beginnt, wurde die Gitarre 2010 oder Ende 2009 in den USA gebaut.