Während ein selbstreinigender Backofen viel Zeit und Ärger in der Küche spart, müssen stark verschmutzte Backöfen vorher etwas vorgereinigt werden. Das Ausführen des Selbstreinigungszyklus mit einer extremen Menge an Schmutz kann mehrere Zyklen erfordern und möglicherweise sogar die Oberflächen im Inneren des Ofens beschädigen.
Der Selbstreinigungszyklus verwendet extreme Hitze, um Speisereste zu verbrennen. Einige Arten von Verschüttungen werden bei hohen Temperaturen problematisch. Zuckerrückstände können tatsächlich in Flammen aufgehen und das Innere der Ofenoberfläche beschädigen. Stark verkrustete Verschmutzungen können den Luftstrom blockieren, was zu einer Überhitzung der Elemente und möglicherweise zu einem elektrischen Ausfall führt. Je mehr Material zu entfernen ist, desto länger muss der Ofen arbeiten, um es zu verbrennen.