Viele der ursprünglichen Siedler von New York, New Jersey, Pennsylvania und Delaware waren Einwanderer aus europäischen Nationen, in denen sie wegen ihres religiösen Glaubens verfolgt wurden. Unter ihnen waren Gruppen von Quäkern, Lutheranern, Anglikanern, Baptisten und niederländischen Mennoniten, jeder mit seinen eigenen Praktiken und Überzeugungen. Nach Angaben des National Humanities Center spielte dieser religiöse Pluralismus eine Rolle bei der Entstehung der vielfältigen, religiös toleranten Kultur der mittleren Kolonien.
USHistory.org beschreibt, wie die Präsenz so vieler verschiedener religiöser Gruppen in einem Gebiet die Dominanz eines Glaubens in den mittleren Kolonien fast unmöglich machte. Die verschiedenen Gruppen tolerierten sich weitgehend, da jede ein gleiches Verfolgungsrisiko hatte. In den frühen Tagen des kolonialen Amerikas dienten die mittleren Kolonien als Puffer zwischen den nördlicheren Kolonien, in denen der englische Puritanismus die vorherrschende Religion war, und den südlichen Kolonien, in denen der Anglikanismus am häufigsten vorkam. Da die mittleren Kolonien gegenüber religiösen Meinungsverschiedenheiten toleranter waren, konnten diejenigen, die eine Verfolgung im Norden oder Süden fürchteten, in diese Kolonien ziehen und dort eine größere Akzeptanz erfahren.
Selbst innerhalb einzelner Städte in den mittleren Kolonien gab es große religiöse Vielfalt. Das National Humanities Center zum Beispiel zeigt ein 1771 gezeichnetes Bild der Skyline von New York City. Auf der Karte sind 18 verschiedene Gotteshäuser zu sehen. Die allein durch dieses Bild repräsentierten Religionen waren niederländisch-reformiert, anglikanisch, presbyterianisch, lutherisch, französische Hugenotten, Kongregationalisten, Methodisten, Baptisten, Quäker, Mähren und Juden.
