Bis September 2015 wurden zwar keine offiziellen Beschwerden beim Better Business Bureau (BBB) gegen die Whitaker Wellness Institute Medical Clinic, Inc. eingereicht, es wurden jedoch zahlreiche Verbraucherbeschwerden beim National Council Against Health Fraud eingereicht. oder NCAHF. Zu diesen Beschwerden gehören Whitakers Werbung für Megavitamine für unangemessene Anwendungen und die Tatsache, dass Dr. Whitaker, ein Praktiker für alternative Medizin, laut dem National Council Against Health Fraud nicht für Präventivmedizin zertifiziert ist.
Eine häufige Beschwerde gegen Dr. Whitaker ist, dass er die Ansichten der Ärzteschaft im Allgemeinen falsch darstellt, erklärt der Nationale Rat gegen Gesundheitsbetrug. Auf seiner Website DrWhitaker.com beschreibt er beispielsweise die „Drei größten Lügen, die der Arztberuf erzählt“, darunter „Krankheiten passieren einfach“, „ältere Menschen haben immer medizinische Probleme“ und „Sie können nichts dagegen tun“. Diese Behauptungen sind falsch, weil die reguläre Medizin diese Aussagen weder glaubt noch vorantreibt. Dies wird als "Strohmann"-Taktik bezeichnet, die verwendet wird, um Whitaker anderen Ärzten überlegen erscheinen zu lassen.
Eine weitere Beschwerde gegen Dr. Julian Whitaker ist, dass er ein Befürworter der Chelat-Therapie bei Gefäßerkrankungen ist, stellt der National Council Against Health Fraud fest. Chelattherapie ist ein chemischer Prozess, bei dem eine synthetische Lösung in den Blutkreislauf injiziert wird, um Schwermetalle oder Mineralien aus dem Körper zu entfernen. Obwohl für die Entgiftung von Schwermetallen zugelassen, ist die Chelat-Therapie nicht für Gefäßerkrankungen oder andere medizinische Probleme zugelassen, wird jedoch häufig von Dr. Whitaker angewendet.