Einige Vorteile der Hydrokultur sind der minimale Verbrauch von Wasser und Dünger, reduzierter Wartungsaufwand, hohe Ernteerträge, Platzeffizienz und die Möglichkeit, Pflanzen unter rauen Bedingungen und das ganze Jahr über anzubauen. Der Nachteil der Hydroponik ist der hohe Aufwand für die Einrichtung und den Betrieb des Systems.
Ein Hydroponik-System reduziert den Wasserverbrauch, da das Wasser direkt den Wurzeln der Pflanzen zugeführt wird. Das System ermöglicht auch das Recycling des Bewässerungswassers. Da die Pflanzenwurzeln mit Wasser versorgt werden, wird der Verlust von Dünger durch Abfließen minimiert, wodurch die benötigte Düngermenge reduziert wird.
Ein weiterer Vorteil ist die Tatsache, dass das System keine regelmäßige Entfernung von Unkraut erfordert. Da Beleuchtung, Nährstoff- und pH-Wert in einem Hydrokultursystem kontrolliert werden, hat der Züchter eine bessere Kontrolle über den Wachstumsprozess und kann die Pflanzen leichter vor Schadstoffen und Schädlingen schützen. Infolgedessen ist der Ernteertrag eines Hydrokultursystems hoch. Außerdem neigen Pflanzen dazu, unter günstigen Bedingungen schneller zu wachsen, was die Anzahl der Wachstumszyklen innerhalb eines bestimmten Zeitraums erhöht.
Da das Hydrokultursystem nicht von äußeren Umweltbedingungen wie Bodenqualität, Verfügbarkeit von Sonnenlicht und Jahreszeiten abhängig ist, können Pflanzen sogar in Wüsten, in Regionen mit schlechter Bodenqualität und das ganze Jahr über angebaut werden. Außerdem haben Pflanzen, die über Hydrokultur angebaut werden, kleinere Wurzeln, wodurch sie näher beieinander angebaut werden können.
Die Kosten für die Einrichtung eines Hydroponik-Systems sind jedoch höher als für den Aufbau eines erdbasierten Gartens. Da das System mehr Arbeit erfordert, sind auch seine Betriebskosten hoch. Große Setups sind kostengünstiger als kleinere.