Sechsecke kommen in der Natur an vielen Stellen vor, wie zum Beispiel die ineinandergreifenden Zellen eines Bienenstocks und die Kristalle einer Schneeflocke. Schildkrötenpanzer sind oft mit sechseckigen Markierungen bedeckt. Der Giant's Causeway in Schottland ist ein geografisches Merkmal, das aus 40.000 sechseckigen Basaltsäulen besteht. Sechsecke werden häufig für Fliesen, Pflastersteine und andere Wand- und Bodenbeläge verwendet, während Sonnenkollektoren oft aus sechseckigen Gittern bestehen.
Das natürliche Auftreten von Sechsecken ist auf die effiziente Art und Weise zurückzuführen, wie die sechseckige Form den Raum nutzt. Das Sechseck ist eines von nur drei regelmäßigen Vielecken, die zusammenpassen, um eine ebene Fläche ohne Lücken abzudecken, die anderen beiden sind das Quadrat und das gleichseitige Dreieck.
Da ein Sechseck mehr Seiten hat als ein Quadrat oder Dreieck, hat seine Fläche einen kompakteren festen Umfang als beide. Dies bedeutet, dass die sechseckigen Wabenzellen die geringste Menge an Wachs verwenden, die erforderlich ist, um den maximalen Raum einzuschließen, ohne Platz zwischen den Zellen zu verschwenden.
Eine hexagonale Anordnung ermöglicht auch eine dichte Packung kreisförmiger Objekte. Zum Beispiel ordnen sich Murmeln in einer runden Schale auf natürliche Weise in einer sechseckigen Form an, wobei sechs Murmeln um eine zentrale Murmel gruppiert sind.