Griechenland ist von großen Gewässern umgeben, darunter das Ionische Meer, das Mittelmeer, das Kreta-Meer, das Thrakische Meer und die Ägäis. Die vielen Inseln des Landes liegen alle in diesen fünf Meeren.
Im Landesinneren Griechenlands gibt es nur wenige bedeutende Seen. Zu den größten Seen zählen die Prespa-Seen, der Trihonida-See und der Pamvotida-See. Das Land beherbergt auch zahlreiche Flüsse, darunter den Evros, Axios, Pineios und den Acherodas. Einer der landschaftlich schönsten ist der Nestos-Fluss in Xanthi. Flüsse mit einem geringeren Wasservolumen neigen dazu, jeden Sommer bei steigenden Temperaturen auszutrocknen.