Die häufigsten Nebenwirkungen von Melasse sind weicher Stuhlgang und Durchfall, wie von Ayur Times angegeben. Personen, die mehr als 3 Teelöffel Melasse pro Tag einnehmen, können auch Blähungen, Schmerzen und Krämpfe im Bauch erfahren.
Bei einigen Menschen kommt es bei der ersten Einnahme von Melasse zu Schwindel oder Übelkeit, daher ist es laut Ayur Times am besten, sie zu einer Mahlzeit oder auf vollem Magen einzunehmen. Menschen, die auf Zuckerrohr allergisch sind, sollten Melasse meiden. Frauen, die schwanger sind oder stillen, sollten vor der regelmäßigen Einnahme von Melasse einen Arzt konsultieren, ebenso wie Menschen mit hohem Blutzucker.