Blühende Kirschbäume sind anfällig für eine Reihe von Pilzkrankheiten, einschließlich Braunfäule (auch Blütenfäule genannt), Schwarzer Knoten und Eutypa-Absterben. Sobald ein Baum mit einem Pilz infiziert ist, gibt es keine Heilung. Die beschädigten Gliedmaßen müssen entfernt und sorgfältig außerhalb des Gartens entsorgt werden. Diese häufigen Pilzkrankheiten können einen blühenden Kirschbaum schwer schädigen oder töten.
Braunfäule befällt die Blüten des Kirschbaums, sobald sie im Frühjahr zu verblassen beginnen. Es erscheint zuerst als winzige schwarze Punkte auf den Blüten und breitet sich auf die Gliedmaßen aus und wandert die Gliedmaßen hinunter zum Stamm. Mit Braunfäule infizierte Gliedmaßen müssen mindestens 20 cm von der Infektion entfernt zurückgeschnitten werden. Schwarzer Knoten breitet sich auch im Frühjahr aus. Es überwintert in Baumknoten, bis die Wärme und Feuchtigkeit des Frühlings die Sporen freisetzt und zerstreut. Es erscheint zuerst auf Bäumen als Korkknoten, die langsam grün und dann schwarz werden. Eine Infektion mit schwarzen Knoten stört das Kreislaufsystem eines Baumes und führt dazu, dass die Gliedmaßen welken und absterben. Alle knorrigen Äste müssen im Winter und im zeitigen Frühjahr mindestens 3 Zoll unter dem Knoten abgeschnitten werden.
Der Pilz Eutypa lata verursacht im späten Frühjahr und Sommer das Absterben von Kirschbäumen. Es dringt in Wassertropfen durch Beschneidungsschnitte in den Baum ein, wodurch die Äste plötzlich welken und absterben. Verwelkte Gliedmaßen müssen mindestens einen Fuß von der Infektion entfernt zurückgeschnitten werden. Bei allen Pilzinfektionen müssen die Schnittgeräte zwischen jedem Schnitt und zwischen den Bäumen desinfiziert werden, um eine Ausbreitung zu verhindern. Fungizide können Infektionen vorbeugen, wenn sie im zeitigen Frühjahr eingesetzt werden.
