Der Hauptkonflikt in "Number the Stars" besteht darin, dass die Nazis Dänemark besetzen, um Juden zu fangen und in Konzentrationslager zu schicken. Insbesondere entsteht ein Konflikt für die Hauptfiguren, als die Familie Yohansen ihr Leben riskiert, indem sie nimmt ein junges jüdisches Mädchen, Ellen Rosen, auf, um sie vor den Nazis zu schützen.
Es gibt zwei Höhepunkte im Roman, die den Hauptkonflikt in „Number the Stars“ hervorheben. Das erste Ereignis ereignet sich, als Soldaten das Haus der Yohansen auf der Suche nach Ellen und ihrer Familie durchsuchen. Nachdem die Nazi-Soldaten Ellen gegenüber misstrauisch geworden sind, gibt Mr. Yohansen vor, sie sei seine Tochter und rettet ihr das Leben.
In der zweiten Höhepunktszene wird Annemarie – die Tochter von Yohansen – von Nazi-Soldaten auf dem Weg angehalten, um einem Mann, der Juden bei der Flucht nach Schweden hilft, ein Paket zu überbringen. Nachdem Annemarie die Soldaten daran gehindert hat, den Inhalt des Pakets zu entdecken, entgeht Annemarie nur knapp einer Festnahme.
Neben diesen Ereignissen ergeben sich sekundäre Konflikte durch die Nazi-Besatzung und die weitreichenden Auswirkungen des Zweiten Weltkriegs. Zum Beispiel verlieren mehrere Charaktere ihre Jobs, ihr Zuhause und sogar ihre Familien, während sie versuchen, der Gefangennahme und der Einlieferung in Internierungslager zu entkommen oder Juden bei der Flucht aus Dänemark zu helfen. Auf persönlicher Ebene kämpft Ellen mit dem Konflikt, mutig sein zu müssen, während sie der Gefahr ausgesetzt ist, ihre Familie nie wieder zu sehen.
