Benutzer können den Filter einer Fensterklimaanlage reinigen oder austauschen. Einige Geräte verfügen über wiederverwendbare Filter, die Benutzer waschen und wieder in die Klimaanlage einsetzen. Andere Filter können nicht wiederverwendet werden und müssen ersetzt werden.
Nach Angaben des US-Energieministeriums kann das Reinigen oder Ersetzen eines alten, verschmutzten Filters den Energieverbrauch der Klimaanlage um 5 bis 15 % senken. Der Besitzer sollte den Luftfilter während der Kühlsaison einmal im Monat waschen oder ersetzen, um Staub von den Verdampferschlangen fernzuhalten. Eine häufigere Reinigung ist erforderlich, wenn das Gerät übermäßig genutzt wird, der Bereich staubig ist oder Haustiere im Haus leben.