Laut WebMD wird Penicillin nicht allgemein zur Heilung von bakterieller Vaginose verschrieben. Antibiotika wie Clindamycin, Metronidazol und Tinidazol zerstören Bakterien, die bakterielle Vaginose verursachen.
Bestimmte Antibiotika zur Behandlung von bakterieller Vaginose können oral eingenommen oder als Creme, Gel oder Zäpfchen in die Vagina eingeführt werden. Vaginale Medikamente sind vorteilhaft, da sie laut WebMD weniger systemische Nebenwirkungen verursachen als orale Medikamente. Schwangeren, insbesondere solchen mit einem hohen Risiko für vorzeitige Wehen, wird empfohlen, eine vaginale Behandlung zu vermeiden. Bakterielle Vaginose tritt nach der Behandlung häufig wieder auf, daher verschreiben Ärzte manchmal Medikamente über einen längeren Zeitraum, um ein Wiederauftreten zu verhindern.