Chlamydia trachomatis wurde erstmals in den Augen von Orang-Utans auf der Insel Java entdeckt. Bei Expeditionen zur Erforschung der Syphilis infizierten die Wissenschaftler Ludwig Halberstaedter und Stanislaus von Prowazek Orang-Utans mit Bindehautabschürfungen von Trachompatienten und entdeckten die Organismen, die sie Chlamydozoa nannten.
Die beiden Wissenschaftler veröffentlichten 1907 die erste Ätiologie von Chlamydia trachomatis. Laut Chlamydiae.com entdeckten andere Wissenschaftler erst 1958, dass der Organismus ein Bakterium und kein Virus ist.
Laut Review of Ophthalmology ist Chlamydien die häufigste sexuell übertragbare bakterielle Erkrankung der Welt. Das Bakterium kann neben dem Menschen mehrere Tierarten infizieren und verursacht beim Menschen zwei Arten von Chlamydien-Augeninfektionen.