Es werden keine Werkzeuge benötigt, um Ninja-Mixer zu reinigen. Das Mega Kitchen System, der Professional-Mixer, der Nutri Ninja und der Ultimate-Mixer erfordern alle die gleichen Reinigungsmethoden. Der Motorsockel wird mit einem feuchten Tuch abgewischt, Krüge, Deckel, Klingen und Aufsätze sind spülmaschinenfest.
Während der Krug im unteren Korb der Spülmaschine gereinigt wird, werden die kleineren Stücke in den oberen Korb gelegt. Eine andere Möglichkeit, einen Ninja-Mixer zu reinigen, besteht darin, ihn zu drei Vierteln mit warmem Wasser zu füllen, eine kleine Menge Geschirrspülmittel hinzuzufügen, den Deckel aufzusetzen und mehrmals auf PULSE zu drücken. Nachdem der Mixer sauber ist, werden alle Komponenten unter fließendem Wasser gespült. Der Mixer sollte nicht gelagert werden, bis die Stücke gründlich getrocknet sind.