Zu den in Fonduetöpfen verwendeten Brennstoffen gehören Butan, Ethylalkohol, Isopropylalkohol, Kerzen und Gel-Brennstoff. Benutzer sollten die mit dem Fonduetopf gelieferten Herstelleranweisungen lesen, um die besten Brennstoffe für diesen Zweck zu bestimmen Modell.
Flüssige Brennstoffe wie Alkohol und Butan erzeugen eine heißere Flamme als Gele und Kerzen. Die Flüssigbrennstoffoptionen sollten für Fonduerezepte verwendet werden, die Fleisch und Milchprodukte enthalten, um die Lebensmittelsicherheit zu gewährleisten.
Kerzen und Teelichter werden manchmal in Fondue-Töpfen mit geringer Hitze für Schokoladenfondue und andere Desserts verwendet. Die Kerze hält die Flüssigkeit warm und gießbar.
Für einige Fonduetöpfe, wie sie von Le Creuset hergestellt werden, werden Gelpackungen verwendet, um den Topf zu erhitzen. Diese Gelpackungen reichen für ein oder zwei Rezepte, danach müssen sie ersetzt werden.