"Herr der Fliegen" erzählt die Geschichte einer Gruppe britischer Schuljungen, die einen Flugzeugabsturz überlebten, nur um die einzigen Bewohner einer Insel zu werden. Sie sind gezwungen, nach Nahrung zu suchen, Schutz zu schaffen und ihre eigene Zivilisation zu entwickeln, um zu überleben.
Das Hauptthema von "Herr der Fliegen" besteht darin, die Unterschiede zwischen Zivilisation und Wildheit aufzuzeigen. Das Flugzeug, in dem die Schüler sitzen, wird während des Krieges abgeschossen, einige Passagiere und der Pilot werden getötet, während die Kinder ohne eine erwachsene Figur zurückbleiben, die sie nach Orientierung suchen können. Als sich zwischen den drei Hauptfiguren Jack, Ralph und Piggy ein Machtkampf entwickelt, übernimmt Ralph schnell die Führung. Mit Jacks Unterstützung wird er der Anführer der Jungs, während Piggy ein Außenseiter bleibt und sich Sorgen um das langfristige Überleben der Jungs macht.
Mit der Zeit lernt Ralph Piggys Reife zu schätzen, während Jack die Jungs zu Anarchie und Wildheit fördert. Schließlich gewinnt Jack den größten Einfluss auf die anderen Jungen und ermutigt sie, die Reste ihrer Höflichkeit loszulassen, was in den Morden an Piggy und einem anderen Jungen, Simon, durch die anderen Kinder gipfelt. Nach Piggys Tod beginnen die anderen Kinder, Ralph zu jagen, der auf der Flucht um sein Leben am Strand zusammenbricht und von einem Marineoffizier gefunden wird. Der Polizist glaubt Ralphs Geschichte nicht und denkt, dass die Jungs nur Spiele gespielt haben. Die Kinder werden auf dem Marineschiff von der Insel und zurück nach Großbritannien gebracht.