Es gibt einige Fugenreiniger, die giftige Dämpfe verursachen, insbesondere solche mit hohen Konzentrationen von Bleichmitteln oder bestimmten Säuren. Salzsäure oder Salzsäure ist eine der gefährlichsten Säuren, die als Fugenreiniger verwendet werden. Wenn es mit Wasser gemischt wird, erzeugt es stark ätzende Dämpfe, die Chrom und Badezimmerarmaturen anätzen sowie Lungen- und Hautgewebe zerstören können. Die Dämpfe sind außerdem brennbar und nicht nachweisbar und können sich leicht im ganzen Haus ausbreiten.
Kleine Taschen von Säurekristallen können sich nach dem Abspülen in porösen Oberflächen von Fugenmörtel und Fliesen festsetzen und dann Dämpfe freisetzen, wenn sie mit Wasser oder anderen Reinigungsmitteln in Kontakt kommen. Fugenreiniger mit starken Chlorbleichmittelkonzentrationen emittieren auch giftige Dämpfe, wenn sie Kohlendioxid oder anderen Chemikalien ausgesetzt werden. Der von Chlorbleiche gebildete Dampf ist ein schweres Lungenreizmittel, das in hohen Konzentrationen tödlich ist.
Obwohl die meisten im Handel erhältlichen Produkte zur Reinigung von Fugenmörtel im Haushalt bei bestimmungsgemäßer Verwendung im Allgemeinen sicher sind, können sie tödlich sein, wenn Verbraucher die Sicherheitsvorkehrungen missachten. Beim Mischen von Chlorbleiche mit Ammoniak oder Säuren entstehen Gase, die nicht nachweisbar und oft tödlich sind, insbesondere wenn sie in schlecht belüfteten Bereichen verwendet werden, in denen Fugen meist am meisten gereinigt werden müssen.
Experten empfehlen die Verwendung von Produkten, die ungiftige Chemikalien wie Sauerstoffbleiche enthalten, die keine Dämpfe erzeugen. Haushaltsmischungen aus Backpulver mit Essig oder Zitronensaft sind auch zur Reinigung von Fliesen und Fugen wirksam, ohne giftige Dämpfe zu erzeugen.