Windex enthält laut der Environmental Working Group schädliche Chemikalien wie Ammoniumhydroxid, Hexoxyethanol und den Duft der Chemikalie. Der Glasreiniger enthält auch Propylenglykol, eine umstrittene Substanz, die in Zahnpasta und Kosmetika verwendet wird. Laut Daily Finance hat SC Johnson im März 2009 eine Website erstellt, die viele der Inhaltsstoffe der Reinigungsprodukte des Unternehmens erläutert.
Ammoniumhydroxid ist ein bekanntes Reizmittel für die Atemwege, das das Sehvermögen und die Haut schädigen kann. Die EWG gibt auch an, dass Ammoniumhydroxid eine akute aquatische Toxizität verursacht. Hexoxyethanol kann Organe schädigen, während der Duft zu Allergien, Hautreizungen und Problemen des Nervensystems führen kann. Die EWG listet Windex als mäßig bedenklich für Asthmatiker und für diejenigen, die an Atemwegserkrankungen leiden. Hautreizungen sind ein weiteres Anliegen, das Wissenschaftler in Bezug auf den Glasreiniger haben.
Daily Finance weist darauf hin, dass Windex Propylenglykol verwendet, eine Substanz, die von der US-Umweltschutzbehörde als sicher eingestuft wird. Umweltschützer argumentieren, dass Studien zeigen, dass Propylenglykol Nieren- und Leberschäden verursacht.
Forbes berichtet, dass eine umfassende Studie zu Haushaltsreinigungsprodukten, einschließlich Windex, zu dem Schluss gekommen ist, dass viele Produkte ein breites Spektrum an gesundheitlichen Auswirkungen haben. Eine der am meisten beachteten gesundheitlichen Auswirkungen war Asthma, während eine andere eine endokrine Störung war.
Auf der offiziellen Website von SC Johnson sind verschiedene Inhaltsstoffe des Glasreinigers Windex aufgeführt. Wasser, Isopropylalkohol, 2-Hexoxyethanol, Videt EGM, Natrium c14-17 sec-Alkylsulfonat, Ammoniumhydroxid, Propylenglykol, Mirapol Surf S-10, Duftstoff und Liquitint Sky Blue Dye befinden sich in einer Flasche Windex.