Tomaten verrotten aus mehreren Gründen an der Rebe, darunter ungleichmäßige Feuchtigkeit, zu viel Sonne, Schädlingsbefall und Krankheit. Die ersten drei Probleme können angegangen werden, wenn die Pflanze wächst, um Fäulnis in Zukunft zu reduzieren Früchte, aber Pflanzen, die Krankheiten ausgesetzt sind, sollten vernichtet werden.
Schädlingsbefall ist eines der am einfachsten zu diagnostizierenden Probleme, da die Fehler häufig vorhanden sind und ihre Auswirkungen unterschiedlich sind. Stinkwanzen erzeugen beim Füttern dunkle Flecken auf Tomaten und hinterlassen einen Bereich, der gelb wird oder grün bleibt, wenn die Früchte reifen. Hornwornen sind oft unter den Blättern zu finden, und ihre Fraßspuren sind auf Blättern und Früchten sichtbar.
Wenn Tomaten zu viel Sonne erhalten, tritt ein Zustand namens Sonnenbrand auf und die Früchte entwickeln weiße Flecken mit einer ledrigen Textur. Blütenendfäule tritt auf, wenn Tomaten ungleichmäßige Feuchtigkeit erhalten, was die Fähigkeit der Pflanze zur Aufnahme von Kalzium hemmt. Die Fäulnis verursacht hellbraune Flecken am Ende der Tomate, und diese Flecken werden schließlich schwarz.
Tomaten sind anfällig für Knollenfäule, Tabakmosaikvirus und Welke. Anzeichen für diese Krankheiten sind graue, schimmelige Stellen an der Frucht sowie verzogene Blätter und Krebse an der Frucht oder am Stängel. Krankheiten, die Tomaten befallen, können im Boden verbleiben, und der Beratungsdienst der Colorado State University empfiehlt, in den betroffenen Gebieten mindestens zwei Jahre lang nach Entdeckung der Krankheit andere Pflanzen anzupflanzen.