Obwohl die FDA kein flüssiges Desinfektionsmittel zugelassen hat, das Alkohol als Hauptwirkstoff für die Verwendung in klinischen Umgebungen verwendet, hat sich Isopropylalkohol nach Angaben der Centers for Disease Control and Prevention unter bestimmten Bedingungen bei der Abtötung von Mikroorganismen als wirksam erwiesen. Unter den verschiedenen Arten von Alkohol, die für die Sterilisation verfügbar sind, ist Isopropylalkohol durchweg einer der bakterizidesten.
Wie von der CDC berichtet, wurden klinische Studien mit Methylalkohol, Ethylalkohol und Isopropylalkohol durchgeführt, um ihre relative Wirksamkeit bei der Sterilisation von Oberflächen zu bestimmen. Alle Formen von Alkohol erlitten einen signifikanten Wirkungsverlust, wenn sie auf Konzentrationen unter 50 Prozent verdünnt wurden. Keine erwies sich als geeignet, Bakteriensporen abzutöten oder dicke Proteinschichten zu durchdringen. Unter den getesteten Sorten zeigte Isopropylalkohol jedoch die Fähigkeit, die Viren sowohl für Hepatitis B als auch für Herpes abzutöten. Es war bei der Desinfektion von E. coli- und S. aureus-Populationen etwas wirksamer als Ethylalkohol.
Es wurde auch festgestellt, dass Isopropylalkohol bei der Desinfektion von wiederverwendbaren Schallkopfköpfen wirksam war. Die CDC warnt jedoch davor, dass Germizide auf Alkoholbasis im Allgemeinen nicht zum Sterilisieren von chirurgischen Instrumenten empfohlen werden. Dies liegt daran, dass keines der getesteten Mittel die Sporen verschiedener Bazillen zuverlässig vernichten konnte und tödliche Infektionen gelegentlich auf die Verwendung von alkoholbehandelten Geräten zurückgeführt wurden.